Những thói quen của muỗi khi đẻ trứng, cách muỗi đẻ trứng khác biệt đáng kể giữa các loài và hình thái trứng khác nhau. Phương thức đơn giản nhất được thực hiện bởi nhiều loài Anopheles; như những loài côn trùng sống dưới nước khác, con cái chỉ bay trên mặt nước, nhấp nhô lên xuống bề mặt và đẻ trứng đơn lẻ nhiều hoặc ít. Hành vi nhấp nhô xảy ra giữa những loài côn trùng dưới nước, ví dụ những con phù du và chuồn chuồn, tỉnh thoảng được gọi là nảy lên. Trứng của loài Anopheles có hình trụ nhọn đầu và có phao ở các cạnh. Con cái của nhiều loài thông thường có thể đẻ 100 – 200 trứng trong suốt quá trình của vòng đời. Ngay cả tỉ lệ tử vong giữa trứng và các thế hệ lớn, trải qua quá trình trong vòng vài tuần, cặp sinh sản thành công có thể tạo ra dân số lên đến hàng ngàn con.

Một số loài khác, ví dụ như các thành viên thuộc chi Mansonia đẻ trứng thành từng mảng, gắn dưới bề mặt hoa súng. Họ hàng lân cận của chúng, chi Coquillettidia đẻ trứng tương tự nhưng không gắn với thực vật. Thay vào đó, trứng tạo thành lớp gọi là “bè” nổi trên nước. Đây là hình thức đẻ trứng phổ biến và hầu hết các loài thuộc Culexare nổi tiếng với đặc tính này, thói quen này còn xảy ra ở một số chi khác như Culiseta và Uranotaenia. Trứng Anopheles nhóm với nhau trên bề mặt nước nhưng các nhóm này không gắn kết chặt chẽ với nhau như bè trứng.

Ở một số loài đẻ trứng thành bè, bè trứng không tạo thành ngẫu nhiên, con cái muỗi Culex đặt cẩn thận trên nước với hai chân bắt qua và đẻ từng trứng một, con cái kéo để sắp xếp trứng thành một mảng dính với nhau để tạo thành bè.

Muỗi cái Aedes đẻ trứng đơn lẻ, nhiều như muỗi Anopheles, nhưng không theo quy tắc vào trong nước. Thay vào đó, chúng đẻ trứng trên đất bùn ẩm hoặc các bề mặt khác gần bờ nước. Khu vực đẻ trứng thường nằm trong bức tường của gốc cây rỗng hay bình chứa như xô hay lốp xe bỏ đi. Trứng sẽ không nở cho đến khi chúng ngập nước và chúng có thể chịu được khô hạn trước khi điều đó xảy ra. Chúng không có khả năng chịu khô sau khi sinh ra nhưng phải phát triển đến giai đoạn đầu phù hơp. Một khi chúng đã đạt được điều đó, tuy nhiên, chúng có thể bước vào thời kì sinh dục trong một vài tháng nếu chúng sấy khô. Ổ trứng của phần lớn loài muỗi nở càng sớm càng tốt và tất cả các trứng trong ổ nở cùng một thời điểm. Điều này khiến chúng ta khó kiểm soát loài muỗi này hơn những loài muỗi thông thường mà ấu trùng của chúng có thể bị tiêu diệt cùng với khi chúng nở.