Trong khi gần như mọi loài động vật ăn thịt và động vật ăn tạp, bao gồm con người, nhưng chúng chỉ ăn đại hoặc trong vài trường hợp chuột xuất hiện đúng lúc chúng đang đói, phần còn lại coi chuột là yếu tố chính trong chế độ dinh dưỡng hàng ngày. Động vật ăn chuột có vai trò kiểm soát số lượng loài động vật gặm nhấm này và hạn chế sự lây lan của các mầm bệnh mà chuột mang trên người. Những loài động vật này được coi là kẻ thù tự nhiên của chuột bởi vì chúng ăn chuột hàng ngày.

Mèo

Mèo với mọi kích thước, sống hoang dã hoặc nuôi trong nhà, đều săn và ăn chuột. Vài người nuôi mèo trong nhà hoặc kho thóc không chỉ để làm thú cưng, mà còn nhằm mục đích kiểm soát số lượng chuột. Các loài mèo hoang nhỏ hơn, như mèo rừng, linh miêu phụ thuộc vào chuột như nguồn thức ăn chính. Các loài mèo to hơn, như báo đốm, hổ và thậm chí sư tử cũng sử dụng chuột để bổ sung vào chế độ ăn uống, đặc biệt khi các nguồn thức ăn khác khan hiếm.

Chó nuôi

Thường thì, chó nuôi không xem chuột như nguồn thức ăn, nhưng nhiều họ hàng sống hoang dã của chúng sẽ ăn chuột, bao gồm cáo, chó sói, chó rừng và chó Dingo. Sói cũng thường xuyên ăn chuột, và thường sục sạo tìm kiếm chúng như nguồn thức ăn vào mùa đông khi mà các con mồi lớn hơn khó xuất hiện. Chó nhà, đặc biệt là loại chó sục được sinh ra để săn chồn, cáo và chuột được biết ăn chuột nếu có cơ hội và trong một vài trường hợp được huấn luyện để kiểm soát dịch hại.

Chim

Chuột là một nguồn dinh dưỡng tối quan trọng cho các loại chim săn mồi như cú, diều hâu và đại bàng. Quạ, giẻ cùi lam và diệc cũng thêm chuột vào chế độ ăn uống. Cú lợn lưng xám là môt trong những kẻ thù lớn nhất thuộc loài chim của chuột, một họ duy nhất có khả năng bắt và ăn tươi nuốt sống một tá chuột mỗi đêm, chúng đóng một vai trò quan trọng tại những khu vực nông nghiệp có chuột phá hoại mùa màng và kho gạo.

Bò sát

Rắn là nhân tố không thể thiếu trong việc kiểm soát số lượng chuột vì chuột là bữa ăn chính của nhiều loài rắn trên khắp thế giới. Vì rắn có thể mở rộng quai hàm của chúng để nuốt chửng chuột, cả rắn lớn và rắn nhỏ đều phụ thuộc vào chuột như một nguồn thức ăn bổ dưỡng. Trong điều kiện tự nhiên, khi số lượng chuột gia tăng, số lượng rắn cũng phát triển theo chiều thuận; nhưng tại vài khu vực nơi có quá nhiều rắn bị con người giết hại, phá vỡ sự cân bằng giữa con mồi và kẻ đi săn, dẫn đến kết quả là số lượng chuột trở nên đông đảo khủng khiếp.